一、评选表彰对象不同
政府质量奖主要用于表彰在经济领域中实行卓越绩效管理，经济社会效益显著的企业或组织。其对象是企业或组织。
名牌产品是指实物质量达到国内同类产品先进水平，在省内同类产品中处于领先地位，市场占有率和知名度居行业前列，用户满意度高，具有较强市场竞争力的产品。其对象是企业的产品。
二、依据标准和评审内容不同
政府质量奖评审标准采用国家标准GB/T19580《卓越绩效评价准则》和GB/Z19579《卓越绩效评价准则实施指南》，评审内容包括组织的领导，战略，顾客与市场，资源，过程管理，测量、分析与改进，经营结果共7个部分，评价采用千分制，是管理成熟度的评价，前六个条款为过程条款，占分值600分，经营结果条款占400分，目前世界上最优秀的企业或组织得分在720分左右，福建省政府质量奖获奖企业得分500-550分，每个企业都能通过评奖发现改进空间。是国际通行做法，全世界80多个国家设立政府质量奖。
福建名牌产品评审依据是省政府颁发的《福建名牌产品管理办法》，以及《福建名牌产品评审通则》，评价采用千分制，评价指标和分值分别是市场评价250分、质量评价300分、效益评价200分和发展评价250分四个部分。
三、评选重点不同
政府质量奖不仅考核企业生产经营全过程，还要考核企业与顾客、合作伙伴的关系，所承担的社会责任，旨在引导企业通过与行业标杆和竞争对手的对比，寻找差距，不断改进，不断追求卓越绩效，从而实现从优秀迈向卓越的过程，成为行业或区域的标杆。
名牌产品着重点考核的是企业生产经营，重点是产品，其余涉及不多。
四、数量不同
通常政府质量奖影响范围更大、更广泛，它授予的是某一行业领域做得最好的企业或组织，同一年份对同一行业一般不会同时授予2家及以上企业或组织。名牌产品授予的是同一行业的领先者，可同时有若干个。在同一时间一家企业只能获一次政府质量奖，但一家企业可同时有几个产品获名牌产品称号。
从数量上来讲，政府质量奖获奖企业数要远低于名牌产品数量。福建省政府质量奖首届3个，中国名牌产品全省有100个。
五、对社会产生的效果不同
政府质量奖是本行政区域内的最高质量奖，获奖企业必须将其先进管理经验共社会分享，福建省政府质量奖首届获奖的3家将接受全省百家企业现场观摩学习，获奖企业高层领导每年要至少安排一次公益性讲座。政府质量奖重在引导更多的企业追求卓越绩效管理，美国政府质量奖每年获奖企业才3-5家，但是申报企业近50家，导入卓越绩效管理模式的则有几千家。
六、时效长度不同
承载政府质量奖荣誉的企业存在的时间较长，而承载名牌荣誉的产品容易受到技术更替而消失。如，摩托罗拉公司是美国国家质量奖获得者，在20世纪八九十年代摩托罗拉的BP机是世界知名品牌产品，进入二十一世纪后，该产品已完全淘汰，被手机所取代。
政府质量奖引导企业做百年老店，树百年品牌，但其企业生产的产品会不断更新替代，推陈出新。通常，政府质量奖企业应在名牌产品企业中产生，在同一级的质量奖和名牌产品中，质量奖荣誉更高。